Основная миссия - оказываем широкий спектр научно-технических услуг по развитию хлопководства и раскрываем новые возможности использования хлопка, бахчевых культур и многолетних трав на орошаемых землях.
Постановлением ЦИК и Совета Народных Комиссаров от 12 июля 1927 года на территории совхоза «Пахтаарал» ЮКО была организована опытно-оросительная станция. После ряда реорганизаций Мактааральская сельскохозяйственная опытная станция в 2007 г. реорганизована в ДГП «Научно-исследовательский институт хлопководства» Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан. С 2007 года в составе АО «КазАгроИнновация». С 2008 года переименован в Казахский НИИ хлопководства.